ヒューズ編は、リマスター版になり新たに実装されたシナリオです。他の7人の主人公シナリオを別の視点で見た内容です。
最初からヒューズ編をプレイすることはできず、他の7人のシナリオのうち、いずれかをクリア後に選択することができます。
ヒューズ編は7種類のシナリオがあり、それぞれ他の7人の主人公に対応した内容となっています。クリア済み主人公のシナリオのみプレイ可能です。クリア済みかつ、未プレイのヒューズ編シナリオがある場合、その中から自動的に選択されます。クリア済みかつ、未プレイのヒューズ編シナリオが無い場合は、クリア済みシナリオの中から任意に選択できます。
例えば他の主人公が未クリアの状態で、アセルス編をクリアして、システムデータに保存したあと、同じシステムデータでヒューズを主人公に選ぶと、プレイするシナリオは必ず「シュライクの少女失踪事件」になります。その後、レッド編とT260G編をクリアした後、ヒューズ編を選ぶと、プレイするシナリオは、「最終兵器事件」と「ブラッククロス壊滅」のどちらかになります。さらに、「最終兵器事件」と「ブラッククロス壊滅」もクリア済みの状態でヒューズ編を選ぶと、「シュライクの少女失踪事件」、「最終兵器事件」、「ブラッククロス壊滅」のいずれかが選択可能となります
ラスボスは、元となる主人公のラスボスと同じです。上記の「シュライクの少女失踪事件」の場合、ラスボスはオルロワージュとなります。
ヒューズ編クリア後、リマスター版開発室に行くことができます。
仲間になるキャラクターについて
ヒューズ編では、他のシナリオの主人公を仲間にすることができます。
ただし、そのルートシナリオの主人公は下記の手段で仲間にならず、別途イベントで仲間になります。
ブルー：ドゥヴァンのシップ発着場
クーン：スクラップの酒場
T260：スクラップの酒場
レッド：マンハッタンのシップ発着場
アセルス：ネルソンの酒場
エミリア：秘術の資質 金貨のカードイベント中にバカラで仲間になる
リュート：スクラップの酒場
また、IRPOでレンを仲間にすることができます（エミリアルートを除く）
強化ボス
ヒューズ編ではラスボス直前に別室に行くことになります。一定の条件を満たすと、その別室で別の主人公のラスボスと戦うことができます。条件は以下の通りです。
- その主人公のシナリオをクリアする
- その主人公を仲間にする
別のラスボスを倒すと、現在プレイ中のラスボスを強化することができます。（強化したラスボスと戦うか、通常のラスボスと戦うかは選択できます）
倒したラスボスの数に応じて、強さが上がっていき、6人倒すと最強のラスボスになります。